Manusia dan iblis adalah dua sisi dari mata uang yang sama, seperti Assiah dan Gehenna, dunia mereka masing-masing. Satu-satunya cara untuk melakukan perjalanan antar alam adalah dengan cara kerasukan, seperti dalam cerita hantu. Namun, Setan, penguasa Gehenna, tidak dapat menemukan hosti yang cocok untuk dimiliki dan karena itu, tetap dipenjara di dunianya. Dalam upaya putus asa untuk menaklukkan Assiah, ia mengirim putranya sebagai gantinya, berniat agar dia akhirnya tumbuh menjadi kapal yang mampu dimiliki oleh raja iblis.

Ao no Exorcist mengikuti Rin Okumura yang tampak seperti remaja biasa, agak merepotkan — sampai suatu hari dia disergap oleh iblis. Dunianya terbalik ketika dia menemukan bahwa dia sebenarnya adalah putra Setan dan bahwa ayah iblisnya ingin dia kembali sehingga mereka dapat menaklukkan Assiah bersama. Tak ingin bergabung dengan raja Gehenna, Rin memutuskan untuk mulai berlatih menjadi pengusir setan agar bisa bertarung untuk membela Assiah bersama saudaranya Yukio.