Pada abad ke-24 di planet Aqua, tiga gadis — Akari Mizunashi, Alice Carroll, dan Aika S. Granzchesta — terus bekerja keras untuk mencapai tujuan mereka menjadi Prima Undines: pemandu wisata profesional pendayung gondola. Untungnya, para gadis memiliki bimbingan dari tiga Undines Prima terbaik di Neo-Venezia — Alicia Florence, Athena Glory, dan Akira E. Ferrari — yang dikenal sebagai “Peri Air” untuk menghormati keahlian mereka. Dengan bantuan mereka, para magang muda berlatih keras dan bekerja untuk mengatasi situasi apa pun yang mereka hadapi.

Aria The Origination mengikuti kesulitan dan kehidupan sehari-hari dari ketiga gadis muda ini, yang melakukan yang terbaik untuk berkembang sebagai pendayung gondola tur di Neo-Venezia, replika terraformed Venesia.